如何利用生信包进行差异表达分析？ - 知乎
基因集富集分析（gsea）：对差异表达的基因进行功能富集分析，了解它们在生物学上的意义，可以使用go、kegg等数据库。 通路分析：进一步理解差异表达基因在特定生物学途径中的作用。 网络分析：构建蛋白质互作网络或基因调控网络，分析关键基因或转录 ...
差异基因 - 知乎
基因数据的差异性分析是一种针对不同生物样本或不同处理条件下基因表达量变化的分析方法。它可以用来识别基因在两个或多个样本之间的表达差异，从而帮助我们了解基因在不同生物状态下的功能和调控机制。
在gwas研究中如何寻找最显著的SNP值，然后再根据这个SNP位点 …
得到显著的SNP后，要看是不是位于外显子上，是的话候选基因肯定是优先考虑包含该外显子的基因；而GWAS得到的SNP大多是位于非编码区的，这时候要考虑该SNP是不是通过调控目标基因的表达来影响疾病发生发展的，看它是不是位于增强子等转录调节原件上 ...
测序得到的FKPM数据如何进行差异分析？ - 知乎
2021年11月22日 · 测序得到的fkpm数据如何进行差异分析？ 师兄给的测序数据，让做GO，只有FPKM没有read count，生信小白只能说是现学现做了，我看的教程说主流的分析包都只认readcount啊，FP…
通过整理TCGA数据，探索某癌症的癌组织和正常组织的差异基因。
2019年4月12日 · 使用对患者样本的高通量基因组测序和分析技术来试图提供括基因表达谱，拷贝数变异分析，SNP基因分型，全基因组DNA甲基化分析，微RNA分析等信息。收录了33种癌症基因组测序数据。TCGA数据处理和整理比Oncoman和GEO困难一些。
从基因表达量开始画火山图（R) - 知乎
一般差异表达分析中会同时控制这两个参数来筛选显著差异表达基因，如取fdr<0.05和fc>=2。 之后开始画火山图 火山图，它可以直观地展现所有基因的FDR与Fold Change之间的关系，以便快速查看基因在两组样品间表达水平的差异程度和其统计学显著性。
为何WGCNA分析不建议使用筛选好的差异基因做分析? - 知乎
2. 基因是否需要进行筛选？ 2.1 一般对表达量低，在样本间变化不大的基因过滤掉。 2.2 强烈不建议采用差异表达的基因进行wgcna分析， 因为差异表达的基因，就是的样本失去了多样性。 3. rna-seq 数据是否可以进行wgcna分析？ 3.1 转录组的数据可以进行wgcna的分析 。
生信小白求助，怎么从转录组测序后所有差异基因里找想要的一类 …
2019年9月4日 · 对差异基因的处理总体来说分为两种：探索性和验证性. 所谓探索性，就是利用差异基因的分析去发现并探索科学问题，简单来说，当你拿到差异基因的时候，利用这些基因去做 KEGG 和GO Terms 的分析，然后重点解读这些富集出来的通路，并冥思苦想这些通路与自己样本的表型之间有着怎样的关系 ...
寻找差异基因时，同ko号的基因如何处理？ - 知乎
2015年12月23日 · 回答的和我的想法差不多。谢谢他的评论，KO即KEGG Orthology。 我的操作方法是， 1）利用表达谱芯片或者RNA-seq寻找差异表达基因时，就是比较同一基因在不同条件下的表达差异，用Gene ID（如Refseq ID、Ensemble ID等）或者Gene Symbol（就是名字，如TP53）或者是probe ID（如芯片affy的ID，芯片illumina的ID）。
DNA差异甲基化是什么意思？ - 知乎
后台有小伙伴询问，如何寻找差异表达的cpg位点。其实大体思路跟基因的差异表达分析类似。 通过☞ r代码合并tcga数据库中dna甲基化数据之后，我们也可以得到一个类似基因表达谱的矩阵。